Управление МБОУ "Центр образования с.Алькатваама" осуществляется в соответствии с Законом "Об образовании" на принципах демократии, гуманизма, общедоступности, приоритета общечеловеческих ценностей, жизни и здоровья человека, гражданственности, свободного развития личности, автономности и светского характера образования.
Управление школой осуществляется на основе сочетания принципов самоуправления коллектива. В основу положена пятиуровневая структура управления:
Первый уровень - уровень директора (уровень стратегического управления). Директор, совместно с Педагогическим советом, определяют стратегию развития школы, представляют ее интересы в государственных и общественных инстанциях. Общее собрание трудового коллектива согласовывает Программу развития школы. Директор несет персональную юридическую ответственность за организацию жизнедеятельности школы, создает благоприятные условия для развития школы.
Второй уровень - уровень стратегического управления. Субъекты управления: Управляющий совет, Педагогический совет, Родительский комитет, общее собрание трудового коллектива.
Третий уровень - уровень тактического управления - уровень заместителей директора.
Четвертый уровень - уровень оперативного управления - уровень учителей, функциональных служб, структурных подразделений школы. Методические объединения - структурные подразделения методической службы школы.
Пятый уровень - уровень "соуправления" - уровень обучающихся. Иерархические связи по отношению к субъектам пятого уровня предполагают курирование, помощь, педагогическое руководство.
В школе созданы органы ученического самоуправления: детское общественное объединение "Город Школьник", Президент города и министерства. Органы ученического самоуправления действуют на основе утвержденных положений.