Первая миссионерская школа была открыта в Онгудае в 1860 году. Учёба в ней сводилась к заучиванию закона Божия, чтению церковных песнопений.   

В 1880 году в Онгудае открывается церковно-приходская школа, где обучалось 16 учеников и был один учитель, поп.

   В 1903 году в ней обучалось 29 мальчиков и 18 девочек. А учителем был, окончивший курс в Бийском кахетизаторском училище инородец Иван Яковлев Бобраков... В библиотеке книг насчитывалось 420 экземпляров...

   На 2 марта 1923 года в Онгудайской (Урсульской) волости насчитывалось три школы. В онгудайской школе было 7 групп, которые посещали 108 учащихся.

   В 1930-1931 годах в Онгудае была открыта начальная школа на 60 учащихся. Школа размещалась в здании, где в настоящее время находится аптека.

   В 1933-1934 годах построили начальную школу, в настоящее время в этом здании занимаются учащиеся 5-х классов.

   В Онгудайской школе первый выпуск 7-го класса был в 1935 году. Среди выпускников были Науменко Г.И., Жукова Л.А., Русакова Т.Д. среди первых учителей были Куров Пантелеймон Николаевич, Курова Евдокия Фёдоровна, Одинцов Пётр Семёнович.

   В 1937-1938 учебном году в Онгудае открылась средняя школа (в настоящее время здание начальной школы). Как средняя, школа работает с 1940 года.

   В 1967 году было построено трёхэтажное кирпичное здание школы, где и размещается средняя школа в настоящее время.