5 мая 1993 г. школа №3 получила статус гимназии.
В условиях реформирования образования появились новые виды и типы учреждений. К одному из них относится гимназия. Гимназия №3 города Ульяновска прошла длительный 180-летний путь своего развития. Педагогический коллектив гимназии приложил много сил по обновлению содержания, форм, методов и средств обучения и воспитания учащихся.
В гимназии каждый учитель и воспитатель ведет поисковую, исследовательскую, экспериментальную работу. Она помогает решать многие процессы, связанные с совершенствованием развития личности. Результатом опытно-экспериментальной работы являются ежегодные выпуски сборников, участие педагогов во всероссийских, областных научно-практических конференциях. По результатам работы были защищены две диссертации на звание кандидата педагогических наук Л. Д. Соломенко и А.В. Черных.
В последние годы коллектив работал над проблемами гуманизации и гуманитаризации гимназического образования. В центре стоит личность, которая стремится к максимальной реализации своих возможностей, открыта для быстрой социализации, способная осознанно делать выбор в разнообразных жизненных ситуациях. Школа создаёт методологические, материальные, методические, организационно-управленческие, кадровые условия, способствующие удовлетворить потребности, интересы, жизненные планы учащихся, при этом учитель должен ставить себя на место обучаемого, проникнуться его чувствами, эмоциями, быть открытым и искренним, обязательно следить за тем, чтобы на занятиях оптимально сочетались рациональные и эмоциональные аспекты. Вместе с тем гуманитаризация предполагает систему мер, направленных на приоритетное развитие общекультурных компонентов в содержании образования, на ориентацию учащихся на то, " чтобы направляли свои усилия на воспитание умений совершенствовать себя, быть самим собой, связывать самосознание с самоопределением (а свои занятия с общекультурными ценностями)".